在之后的历史风雨中，它曾被挪用为职工宿舍、城市建设安置房等。直至1961年，福州市政府开始筹建林则徐纪念馆，才有了新的转机。此后二十余年，在老一辈文博人的辛勤耕耘下，历经住户迁出、建筑修缮、文物征集和陈列展览等不同阶段，于1982年被辟为福州市林则徐纪念馆，1983年元旦正式对外开放。1985年8月，又完成了公祠后半部云左阁（曲尺楼）的修复，成为一座完整的遗迹，被列为福建省第二批重点文物保护单位。

1997年2月，福州市委、市政府启动了林则徐系列纪念活动，决定扩建福州市林则徐纪念馆。当年4月26日，福州市林则徐纪念馆一期扩建竣工，面积达到3500平方米。

2007年底，福州市林则徐纪念馆列入“三坊七巷”保护区的范围。2008年，福州市政府斥资在林文忠公祠南侧扩建新馆，新增陈列“林则徐史绩展”，与原祠连成一片，占地面积增至8500平方米。2009年6月，正式免费对外开放。

“这是林则徐因禁烟被革职后，踏上被贬新疆的‘风雪征程’，这一枚‘宠辱皆忘’的刻章，他随身携带，激励自己度过逆境……”来自福州市中山小学的林诗晴声情并茂地向南来北往的游客介绍“林则徐史绩展”。今年已是林诗晴作为小小讲解员在福州市林则徐纪念馆服务的第四年，她的1000个志愿服务里有三分之一的时间贡献给了林则徐在福州的各个纪念馆所。近日，这个小姑娘因突出贡献获评林则徐纪念馆“优秀志愿者”。