唐贞元年间(公元848年),高僧希运来此出家修道。希运弟子义玄跟从学法33年,之后往镇州(今河北正定)建临济院,广为弘扬希运禅师所倡启的“般若为本、以空摄有、空有相融”禅宗新法,后世称之为“临济宗”。
明清时期,黄檗山成为东南沿海重要的禅宗传法道场。隐元禅师为临济宗第三十二世,一生通读三藏佛典,严持戒律,精研禅学。隐元两次住持黄檗山万福禅寺,前后17年,备受僧俗敬仰,名扬海内外。隐元把临济宗带到日本,将其发展为日本禅宗三大宗派之一的黄檗宗,被日本佛教界尊奉为近代日本禅宗中兴祖师。隐元禅师和历代黄檗禅僧为日本带去的先进文化、科技以及佛教经义,被日本和国际社会公认和统称为“黄檗文化”。