上世纪80年代末至90年代初，和很多地方一样，福州城市发展日新月异，由此，城市开发建设与文化遗产保护的冲突也不时出现，包括林则徐故居、出生地以及祠堂在内的系列遗迹，都不同程度存在着年久失修、损毁严重、房舍被侵占等突出问题。

位于福州市鼓楼区澳门路16号的林文忠公祠，始建于1905年，在林则徐曾孙林炳章的倡导和族人乡贤的努力下集资兴建而成。在之后的历史风雨中，它命运多舛，被挪用为监狱、职工宿舍、城市建设安置房等，直至1961年被确定修复林文忠公祠，成立福州市林则徐纪念馆筹备委员会，才有了新的转机。

此后20多年，在老一辈文博人的辛勤耕耘下，历经住户迁出、建筑修缮、文物征集和陈列展览等不同阶段，于1982年完成公祠前半部修复工程，被辟为福州市林则徐纪念馆，1983年元旦正式对外开放。1985年，公祠后半部分得以修复，成为一座完整的遗迹，被列为福建省重点文物保护单位。

1990年6月18日，到任福州月余的习近平同志就到林则徐纪念馆瞻仰、调研。2005年，三坊七巷保护修建工程启动。在多方努力下，2007年底，林则徐纪念馆入列三坊七巷保护区范围。2008年，福州市政府斥资在公祠南侧扩建新馆，新增陈列林则徐史绩展，总面积由3500平方米扩至8500平方米。2009年正式免费对外开放。

与此同时，位于福州市中山路左营司巷的林则徐出生地，于上世纪90年代初迎来千载难逢的好时机。1991年7月，左营司9号被列为名人故居。1995年6月，经专家论证，原左营司9号为林则徐出生地，毗邻的罗氏试馆为林则徐幼年读书处。

这里曾是林则徐出生、幼年读书、中举、完婚、中进士和走上仕途的摇篮，也是孕育林则徐忧国忧民思想的重要见证。但在当时，这块地已出让给一家房地产公司，他们计划兴建高级商住楼“则徐花园”。幸运的是，1996年2月6日，习近平主持福州市委常委会，专题研究林则徐系列遗迹修复、充实工作，决定成立林则徐系列遗迹保护、开发领导小组，同意纪念馆、故居、出生地作为市文物局下属单位，归市文物局统一管理。会上还议定收回林则徐出生地。会后不久，经福州市有关部门与开发商协商，以1200万元的补偿金收回该块地。

同年3月，林则徐出生地暨幼年读书处开工典礼举行。1997年6月30日，工程竣工典礼举行，并被列为福州市文物保护单位。习近平同志参加了开、竣工典礼。

随着林则徐出生地对外开放，位于鼓楼区文藻山路的林则徐故居修复工作也逐渐开始走上正轨。这座故居又名“云左山房”，清道光初年，林宾日用自己与儿子林则徐的积蓄购置了文藻山处旧屋。林则徐父母百年于此，林则徐为其父母丁忧守制，回乡探亲以及晚年养病时也居住于此。1948年6月19日，一场洪水冲垮主座一进、三进，仅留下第二进大厅。此后因年久失修，故居日益破败，1961年被公布为福州市文物保护单位。

2002年，福州市政府召集会议研究林则徐故居修复事宜。2003年5月，林则徐故居第一期修复工程正式动工。2005年8月，林则徐诞辰220周年之际，第一期修复工程“七十二峰楼”（原林则徐藏书楼）竣工，含修复主座第三进五间排双层楼阁及左右披榭。2015年8月3日，林则徐故居二期修缮工程局部范围内的违章建筑被依法拆除，占地面积达1300平方米。同年8月29日，林则徐文献馆竣工揭牌暨林则徐故居二期修缮工程开工仪式如期举行。2017年正式开工，目前正在紧张有序地修复中，全面完工指日可待。